As Baías são ambientes que promovem ligações com o oceano aberto, onde a água do mar é diluída pela água doce proveniente da drenagem continental (KJERFVE, 1989) com uma biodiversidade adaptada às condições de variações das marés e salinidade. São compostas por uma riqueza natural expressa em recifes de corais, estuários e manguezais, que são habitats de organismos e fornecem bens e serviços ao homem. 

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Localizada a leste do Estado da Bahia, com aproximadamente 1.233 km², a Baía de Todos os Santos (BTS) é a segunda maior baía navegável do Brasil (HATJE & ANDRADE, 2009) e uma das maiores do mundo (SARAIVA, 2008). Ao longo do seu perímetro costeiro de 184 km estão situados 15 municípios: Salvador, Madre de Deus, Cachoeira, Itaparica, Jaguaripe, Maragojipe, Nazaré, Salinas de Margarida, Santo Amaro, São Félix, São Francisco do Conde, Saubara e Vera Cruz, Aratuípe e Candeias. A configuração atual da BTS é resultado de um “rift” formado durante a separação entre a América do Sul e África e posterior preenchimento com materiais da Bacia Sedimentar do Recôncavo (DOMINGUEZ & BITTENCOURT, 2009). A BTS tem sido considerada uma baía de maré, controlada pelas falhas geológicas associadas à Bacia Sedimentar do recôncavo (CELINO & QUEIROZ, 2006).
 

Em sua extensão há formações de recifes e manguezais (BAY et al., 2012) paisagens que fizeram da BTS polo turístico por excelência (HATJE & ANDRADE, 2009). Dos 162.000 km² de áreas de manguezais existentes no mundo, 13 mil km² estão no Brasil (SCHAEFFER NOVELLI et al., 2000), dos quais 177,6 km² estão localizados na BTS, além de 10,60 km² de apicuns (HADLICH et al., 2008). A BTS tem uma forte relação com a história do Brasil, a qual encantou navegadores e colonizadores despertando interesse dos europeus por ser excelente ancoradouro natural, sítio defensivo e pela fertilidade das suas terras (GOVERNO DA BAHIA, 2017).
 

A BTS tem todo aporte para o desenvolvimento econômico e social com dez terminais portuários de grande porte, um canal de entrada naturalmente navegável e canais internos profundos (HATJE; ANDRADE, 2009). As formas de uso da BTS têm gerado conflitos ao longo de 510 anos, os quais tem contribuído para sua degradação: derramamento de óleo oriundo da indústria petrolífera, descarte de resíduos com metais pesados das atividades de mineração disposição inadequada de resíduos domésticos, além da pesca predatória e em período de
defeso, extração de madeiras e produção de camarões em viveiros.

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Manguezais são ecossistemas costeiros caracterizados pela associação de árvores e arbustos, além de gramíneas que se desenvolvem em planícies de marés protegidas, margeando lagunas e estuários de regiões quentes úmidas (SUGUIO, 1998). A importância social, econômica e ambiental das florestas de mangue está diretamente ligada as suas funções como berçário para diversas espécies de aves, peixes e mariscos, comunidades complexas de suporte a organismos bentônicos que vivem em água salgada e são fontes de boa parte das proteínas (mariscos, crustáceos e peixes), consumidas ou comercializadas pelas comunidades ribeirinhas.

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Independente das ferramentas utilizadas para avaliar a qualidade dos manguezais, é imprescindível que estas informem aos usuários se está ocorrendo degradação e qual agente estressor causador da degradação. Índices ambientais que utilizem indicadores físicos, químicos e biológicos que indiquem e mantenham a integralidade dos ecossistemas são bem aceitos. Estes são atraentes porque são objetivos, rápidos e fáceis de usar, não existindo especifico para manguezais.